BioXplorer

Ситуация, которая сложилась при изучении бактериородопсина, весьма необычна в том смысле, что при промежуточном уровне разрешения удается установить некоторые структурные детали, но этого разрешения недостаточно для однозначного определения конфигурации белка в бислое. Все попытки, которые предпринимались здесь до сих пор, скорее смогли выявить ограничения использовавшихся методов, чем выяснить принципы структурной организации мембранных белков. Применялись следующие методы.

Теоретический анализ, направленный на поиск такой конфигурации спиральных участков, при которой происходит оптимальная нейтрализация зарядов благодаря образованию ионных связей внутри бислоя, а также на оценку длины полипептидных участков, соединяющих спирали.

Нейтронное рассеяние с использованием дейтерированных аминокислот и данных об аминокислотном составе каждого спирального участка.

Улучшение разрешения в плоскости мембраны с использованием метода. реконструкции изображения и электронной дифракции.

Определение рентгеновского рассеяния до и после протеолитического расщепления N-концевого пептида с целью идентификации на карте электронной плотности остатков, расположенных на N-конце.

Исследование с помощью нейтронного рассеяния бактериородопсина, реконструированного из протеолитических фрагментов, один из которых был дейтерирован.

Нейтронное рассеяние с использованием дейтерированного ретиналя, включенного либо путем замещения, либо биосинтетически. Ретиналь был присоединен к Lys-216 в спирали G. Считается, что он расположен внутри бислоя под углом 75° по отношению к нормали, т.е. почти параллельно поверхности мембраны.

Фотохимическое сшивание с использованием фотореактивного производного ретиналя. Этот метод позволяет выявить ближние взаимодействия.

Каждый из этих подходов имеет свои ограничения, и в этом смысле они не согласуются между собой. Существует 5040 возможных способов размещения семи спиралей в семи бороздках, и до настоящего времени эти методы давали противоречивые ответы на вопрос даже о наиболее вероятном их расположении.

Другие статьи:

Общие советы по режиму дня для "жаворонков"
Пробуждение. Настоящие "жаворонки" обычно не испытывают проблем с утренним пробуждением, даже если нужно вставать в 6-7 часов. Однако у них есть другая проблема - борьба с сонливостью, которая наваливается на них в середине и п ...

Экологические группы жужелиц по биотопическому преферендуму
Кроме основополагающей работы Шаровой (1982) мы использовали работы и других авторов (Касандрова, 1971; Попова, 1985; Шишова, 1994; Булохова, 1995; Романкина, 1996; Касандрова, Попова, Романкина, 2007). Комплекс жужелиц опытного сада вкл ...

Цикл сердечной деятельности
Сердце здорового человека сокращается ритмически, в условиях покоя с частотой 60-70 в минуту. Во время мышечной работы, при повышении температуры тела или окружающей среды частота сокращений может увеличиваться, достигая в крайних случаях ...